一种研究RNA与蛋白质的相互作用的实验方法

1.  用抗体捕获细胞核内或细胞质中内源性的RNA结合蛋白。

2. 免疫沉淀把RNA结合蛋白及其结合的RNA一起分离出来。

3. 结合的RNA序列通过定量RT-PCR或高通量测序（RIP-Seq）方法来鉴定。

1. 取被protein-A包裹的磁珠悬浮液，先用PBS洗涤，然后用NT2缓冲液洗涤磁珠两次。

2. 将NT2缓冲液和BSA添加到磁珠悬浮液中，在室温下搅拌培养2小时。

3. 将抗体添加到上述步骤得到的混合物中，然后在室温下孵育1小时。

4. 用NT2缓冲液洗涤protein-A包被的磁珠，然后搅拌3min，1000g，离心1min，重复此过程5次。

1. 将细胞先转移至离心管，然后在4℃，1000g，离心10min；

2. 细胞用预冷的PBS洗涤两次；

3. 加入与细胞等体积的RIP裂解液重悬细胞，轻轻地吹打均匀于冰上静置5min；

4. 每管分装400 μL细胞裂解液，于-80℃冰箱保存；

1. 将上述步骤得到的细胞裂解液4 °C，14000 g，离心10 min；

2. 取清液到一个新的离心管中，4 °C，14000 g，离心5 min，再将上清液再转移至另一个新的管子中；

3. 在制备的上清液中加入10倍体积的NET-2buffer重悬的磁珠，吹打混匀；

4. 取约10%的样品作为“Input”备份，−80 °C保存备用；

5. 在裂解液中加入10倍体积的NET-2 buffer重悬的磁珠，作为阴性对照；

6. 接着在4℃恒温搅拌下孵育12-16h；

7. 孵育后，离心分离protein-A包被的磁珠，取出10%上清备份“output”；

8. 用NT2缓冲液洗涤磁珠，将其重悬后并混合3min，然后4℃，1000 g离心，重复6次。

1. 将Trizol加入到等体积的磁珠中，并将混合物重新悬浮，RNA立即被分离或冷冻在液氮中。

2. 检测RNA的浓度和质量，并通过RT-PCR和测序鉴定RNA.

1. 非特异性RNA的结合过高

   在室温下搅拌培养2小时，可以减少mRNA与磁珠的非特异性相互作用。

2. 分离得到的RNA水平过低

   实验过程中需确保细胞中有足够水平的蛋白质。

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